Cốt truyện của game sẽ đặt tại học viện Hope’s Peak Academy, vốn là nơi nuôi dưỡng những học sinh tài giỏi nhất Nhật Bản – những mầm non hứa hẹn của tương lai, nhưng mọi chuyện đã thay đổi hoàn toàn kể từ khi Makoto Naegi và những người bạn của cậu phát hiện ra họ đã bị giam ở ngôi trường và cắt đứt mọi liên hệ với bên ngoài. Tất cả đã trở thành “con rối” dưới tay hiệu trưởng Monokuma, kẻ đã xúi giục và hứa hẹn trả tự do cho ai giết vài người bạn cùng lớp với mình.
Ẩn trong số những người bạn cùng lớp chính là kẻ giết người cần hạ gục, do đó người chơi cần cận trọng tìm ra kẻ đó chính xác là ai, không sẽ giết nhầm bạn của mình hay bị thủ tiêu. Nhưng có vẻ còn có những bí ẩn đáng sợ hơn ẩn chứa đằng sau, khiến cuộc sống bình thường và cuộc sống chết chóc xoay quanh lẫn nhau trong Danganronpa: Trigger Happy Havoc.
Những gì người chơi cần làm trong game không chỉ có bấm nút và suy luận, mà còn khám phá, điều tra ra những bí ẩn trong học viện, xoay sở trước sự can thiệp của hiệu trưởng Monokuma…
