Những hạn ché nảy sinh trong quá trình triển khai Luật thuế giá trị gia tăng

thì không được khấy trừ hay hoàn thuế giá trị gia tăng.
+ Các đơn vị trực thuộc tổng công ty như : bệnh viện, trạm xá, nhà nghỉ điều dưỡng, viện, trường ... không trực tiếp hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì không phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng và không được tính khấu trừ hay hoàn trả thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ do cơ sở mua để dùng cho hoạt động của mình. Nếu các đơn vị này có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì phải hạch toán riêng và kê khai nộp thuế đối với hàng hoá dịch vụ chịu thuế.
Các tổng công ty, công ty căn cứ vào tình hình tổ chức và hoạt động kinh doanh của đơn vị mình , xác định đăng ký cụ thể đối tượng thuộc diện phải kê khai, nộp thuế với cơ quan thuế với cơ sở tiến hành kinh doanh. Trường hợp cần áp dụng việc kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng khác với hướng dẫn trên đây thì tổng công ty, công ty báo cáo với Bộ tài chính để có hướng dẫn cụ thể.
2. Các tổ chức kinh tế cá nhân nước ngoài hoạt động sản xuất, cung ứng hàng hoá, dịch vụ chịu thuế tại Việt Nam nhưng không có văn phòng hay trụ sở điều hành ở Việt Nam thì tổ chức, cá nhân ở Việt Nam trực tiếp ký hợp đồng tiêu thụ hàng hoá, dịch vụ với tổ chức cá nhân nước ngoài phải thực hiện kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phiá nước ngoài trước khi thanh toán tiền trả cho phía nước ngoài.
3. Cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu có nhập khẩu hàng hoá chịu thuế giá trị gia tăng phải kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng theo từng lần nhập khẩu cùng với việc kê khai thuế nhập khẩu với Hải quan.
4. Cơ sở kinh doanh buôn chuyến phải kê khai và nộp thuế hteo từng chuyến hàng với cơ quan thuế nơi mua hàng, trước khi vận chuyển hàng đi. Số thuế phải nộp đối với hàng hoá buôn chuyến tính theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng .
5. Cơ sở kinh doanh nhiều loại hàng hoá, dịch vụ có mức thuế giá trị giatăng khác nhau, phải kê khai thuế giá trị gia tăng theo từng mức thuế suất quy định đối với từng loại hàng hoá, dịch vụ. Nếu cơ sở kinh doanh không xác định được theo từng mức thuế suất thì phải tính và nộp thuế theo mức thuế suất cao nhất của hàng hoá, dịch vụ mà cơ sở sản xuất, kinh doanh .
Trong trường hợp cơ sở kinh doanh và người nhập khẩu không gửi tờ khai thuế, hay kê khai không đầy đủ, không đúng quy định, cơ quan thuế có quyền căn cứ vào tình hình kinh doanh của cơ sở và các số liệu điều tra để ấn định doanh thu và tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp, thông báo cho cơ sở được biết. Nếu cơ sở kinh doanh không đồng ý với mức thuế suất do cơ quan thuế ấn định, có quyền khiếu nại lên cơ quan thuế cấp trên hay cơ quan có thẩm quyền giải quyết. Trong khi chờ giải quyết vẫn phải nộp thuế theo mức thuế đã được ấn định của cơ quan thuế.
Nộp thuế giá trị gia tăng
Các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu thuộc đối tượng phải kê khai thuế như quy định trên và các cá nhân, hộ kinh doanh nhỏ thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng tính theo mức ấn định doanh thu để tính giá trị gia tăng và số thuế phải nộp thuế giá trị gia tăng đầy đủ, đúng hạn vào Ngân sách Nhà nước theo thông báo nộp thuế của cơ quan thuế .
Trình tự, thủ tục nộp thuế thực hiện như sau :
8.1 Đối với cơ sở kinh doanh thực hiện nộp thuế hàng tháng thao thông báo nộp thuế của cơ quan thuế, thời hạn nộp thuế của tháng chậm nhất không quá 25 ngày của tháng tiếp theo .
Khi nhận được thông báo nộp thuế, căn cứ vào số thuế phải nộp ghi trên thông báo, cơ sở thực hiện mở tài khản tại ngân hàng, có thể làm thủ tục đề nghị ngân hàng trích chuyển tiền từ tài khoản của cơ sở kinh doanh nộp vào Ngân sách Nhà nước, thời gian nộp thuế vào Ngân sách Nhà nước được tính từ ngày ngân hàng trích chuyển tiền từ tài khản của cơ sở kinh doanh. Trong trường hợp đã đến thời hạn nộp thuế mà cơ sở chưa nhận được thông báo nộp thuế thì cơ sở căn cứ vào số thuế phải nộp theo kê khai của cơ sở để chủ động nộp vào Ngân sách Nhà nước.
Đối với những cơ sở có số thuế phải nộp hàng tháng lớn thì thực hiện tạm nộp số thuế phát sinh trong tháng theo định kỳ 10 ngày hay 15 ngày một lần, khi kê khai số thuế phải nộp của cả tháng, trừ số thuế đã tạm nộp, cơ sở sẽ nộp tiếp số thuế còn thiếu. Kỳ nộp thuế do cơ quan thuế xác định và thông báo cho cơ sở thực hiện.
Đối với những cá nhân (hộ) kinh doanh nộp thuế tính theo mức ấn định trên doanh thu, cơ quan thuế căn cứ vào mức thuế đã được xác định để ra thông báo nộp thuế. Thời gian thông báo nộp thuế của tháng đối với hộ kinh doanh do cơ quan thuế thuế xác định phù hợp với từng ngành nghề và địa bàn nhưng chậmnhất không quá 25 ngày của tháng tiếp theo.
Đối với những cá nhân (hộ) kinh doanh (trừ đối tượng nộp thuế theo kê khai) ở địa bàn xa Kho bạc Nhà nước hay kinh doanh lưu động, không thường xuyên thì cơ quan thuế tổ chức thu thuế và nộp vào Ngân sách Nhà nước.
8.2 Cơ sở kinh doanh và người nhập khẩu hàng hoá phải nộp thuế giá trị gia tăng theo từng lần nhập khẩu thực hiện theo thời hạn thông báo nọp thuế nhập khẩu.
Đối với hàng hoá không phải nộp thuế nhập khẩu hoặct nhâp khẩu bằng 0% thì thời hạn phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng thực hiện như qui định đối với hàng hoá phải nộp thuế nhập khẩu.
Đối với hàng hoá nhập khẩu phi mậu dịch, nhâp khẩu tiể ngạch biên giới không áp dụng hình thức thông báo nộp thuế mà sẽ kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng ngay khi nhập khẩu.
Đối với hàng hoá nhập khẩu thuộc diện không phải nộp thuế giá trị gia tăng như : nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu, quà biếu, quà tặng, hàng viện trợ nhân đạo, hàng hoá viện trợ không hoàn lại...nếu đem bán hay xuất dùng vào mục đinchs khác phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng với cơ quan thuế trực tiếp quản lý cơ sở như quy định đối với hàng hoá do cơ sở kinh doanh.
8.3 Cơ sở kinh doanh cố định, đi mua nguyen vật liệu, hàng hoá, vận chuyển hàng của cơ sở đi bán hay trao đổi với cơ sở khác, vận chuyển trong nội bộ cơ sở phải có đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định chế độ hoá đơn chứng từ đối với hàng hoá lưu thông trên thị trường. Nếu không có đủ chứng từ theo quy định, cơ sở ngoài việc phải nộp thuế giá trị gia tăng tính trên giá trị hàng hoá, hàng nhập khẩu còn phải truy thu thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu.
Trong trường hợp thu thuế, cơ quan thu thuế phải cấp biên lai thu thuế hay chứng từ xác nhận việc thu thuế bằng biên lai, chứng từ do Bộ tài chính thống nhất phát hành. Cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn kiểm tra các cơ sở kinh doanh thực hiện chế độ sổ sách, ghi chép kế toán hạch toán rõ ràng số thuế giá trị gia tăng trên hoá đơn chứng từ để làm căn cứ tính số thuế giá trị gia tăng phải nộp và số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ.
8.4 Trong kỳ tính thuế, nếu cơ sở kinh doanh có số thuế nộp thừa kỳ trước thì được trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tiếp theo, nếu kỳ tr...